La jurisdicción originaria será la encargada de aplicar el fuero militar, cosa que suscitará problemas. Esto se debió a que se llevaban a cabo numerosos abusos recogidos en la no competencia de la justicia ordinaria sobre estos delitos llevados a cabo por militares. Por otro lado, tenían lugar numerosos conflictos entre la justicia originaria y la militar en consecuencia a la interpretación de las materias y hechos que rodeaban el incidente.
La aplicación de los fueros militares ocasionó diversos altercados alcanzando las más altas instancias de ambas jurisdicciones, los Consejos de Castilla y de Guerra. Siempre tenían como último recurso, desde la visión del Consejo de Guerra, la consideración de infracción del fuero militar por parte de la justicia ordinaria. Por otro lado, los defensores civilistas insistieron que el fuero militar no era si no mas que un impedimento para el desarrollo de la justicia ordinaria.
Esto se puede apreciar en la obra de Escolano de Arrieta, quien afirmaba en 1796 que el fuero de guerra, había sido el que hubo ocasionado mas disturbios y molestias a los reyes. Se puede apreciar el motivo de esta reflexión al momento cuando Felipe IV ordenó establecer la “junta grande de competencias”, que tuvieron su continuidad hasta 1643 con la instauración de una junta que se encargó de revisar resoluciones vinculadas al fuero militar.
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